"營改增"之后能否抵扣順暢，最直接的決定因素就是發(fā)票制度，而發(fā)票制度的設(shè)定及實際運行中的不便，則是物流運輸企業(yè)實際稅負增加的顯著因素。下游企業(yè)對增值稅發(fā)票需求增多，而上游獲取的渠道較少是個突出問題，也增加了企業(yè)的風險控制難度。此外，不同稅率發(fā)票的抵扣差額所產(chǎn)生的損失和部分抵扣項目有限制也造成了困惑。不過專家指出，企業(yè)不能總將問題歸咎于稅改，外在經(jīng)濟環(huán)境和企業(yè)自身的管理也是影響稅負的因素。
　　上下游發(fā)票差額壓力大
　　"比之前營業(yè)稅的時候頭痛一些。營業(yè)稅時稅點低，由于不能抵扣，客戶不在意是否索要發(fā)票。而現(xiàn)在改成增值稅，索要發(fā)票的人明顯增多，過去五成人索要發(fā)票，而現(xiàn)在則達到了八九成以上，而從上游企業(yè)獲取的抵扣票有限。"浙江省紹興市一位不愿署名的物流運輸企業(yè)主告訴本報記者。
　　這導致了什么結(jié)果呢？
　　"比征營業(yè)稅的時候稅負肯定高了，而且企業(yè)規(guī)模越大，受影響越大。從整個物流業(yè)來看，相對于航空、水運、鐵路來說，跟公路聯(lián)系較密切的門類利潤是最低的。像航空燃油成本占比很高，抵扣相對有保障。"上述業(yè)主表示。
　　"‘營改增’雖然可以抵扣，但是稅率提高了，口子開大了，風險控制方面會吃力一點?？蛻艉茉谝鈭髢r，希望便宜點，但由于稅率由6個點到11個點，出于風險控制我們可能會提高報價。有關(guān)部門規(guī)定，企業(yè)根據(jù)自身規(guī)模每個月只能拿相應數(shù)量的發(fā)票，這樣小客戶就不便開增值稅發(fā)票了，會影響客源。"上海文力物流公司黎經(jīng)理向本報記者表明了稅點高和銷項票高于進項票所產(chǎn)生的風險控制壓力。
　　"大量運輸公司為小規(guī)模納稅人，對倉儲物流企業(yè)開3%的票，而后者若為一般納稅人需向下游企業(yè)開11%的票，有很大的抵扣差。作為側(cè)重物流的企業(yè)，拿的運輸發(fā)票不少是按小規(guī)模納稅人的發(fā)票給開的，抵扣差價很大。跟之前采用營業(yè)稅相比，稅負在增高。"蘇州越海物流公司負責人楊小姐向本報記者表達了稅率不統(tǒng)一帶來抵扣差額的困惑。
　　"小規(guī)模納稅人不能使用專用發(fā)票較為普遍，難以貫徹改革的最終意圖。適用3%征收率的做法削弱了增值稅，尤其是專用發(fā)票制度的優(yōu)越性。"西南財經(jīng)大學財政稅務學院教授付志宇對本報記者如此評價有關(guān)現(xiàn)象。
　　不過，有專家認為，外在經(jīng)濟環(huán)境也會成為感覺上負擔增高的原因。中央財經(jīng)大學財政稅收研究所所長曾康華向本報記者表示，價格因素可以將稅基提高，流轉(zhuǎn)環(huán)節(jié)增加也能導致稅負增加。整個物流業(yè)規(guī)模增加，特別是電子商務發(fā)展很快，銷售勢頭很猛。從而整個物流業(yè)規(guī)模擴大，價格競爭異常激烈，削弱了企業(yè)利潤，容易對稅負格外敏感。
　　在日前舉辦的首屆中國網(wǎng)絡購物年會上，中鐵快運集團企業(yè)管理部部長尚爾斌透露出一個數(shù)據(jù)：在快速增長的巨大業(yè)務量背后，物流行業(yè)平均利潤率僅有5%。
　　發(fā)票限量的煩惱
　　發(fā)票限額控制是稅控系統(tǒng)的重要組成部分，一是發(fā)票數(shù)量的控制，二是發(fā)票開票額度的控制。
　　根據(jù)《增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定》的相關(guān)要求，最高開票限額由一般納稅人申請，稅務機關(guān)依法審批。最高開票限額為十萬元及以下的，由區(qū)縣級稅務機關(guān)審批、核查；最高開票限額為一百萬元的，由地市級稅務機關(guān)審批、核查；最高開票限額為一千萬元及以上的，由省級稅務機關(guān)審批，地級市稅務機關(guān)負責實地核查，資料報省級稅務機關(guān)審核。防偽稅控系統(tǒng)的具體發(fā)行工作由區(qū)縣級稅務機關(guān)負責。
　　據(jù)上海市浦東區(qū)稅務局《浦東新區(qū)稅務局2014年10月行政許可增值稅防偽稅控系統(tǒng)最高開票限額許可（2.0）》提供的企業(yè)名單顯示，共有上海永達英菲尼迪汽車銷售服務有限公司等291家企業(yè)納入此次稅控許可范圍。
　　紹興一位物流業(yè)主告訴本報記者："按11個點來開發(fā)票，但發(fā)票的數(shù)量是有限額的，不能超量，對一些有意向的業(yè)務無法開票。"本報記者在江蘇省也了解到類似情況。
　　"另外，油票雖然可以抵扣，但稅務部門會進行上限限制，不能超過規(guī)定的量，不能讓企業(yè)無限額地開油票。"浙江省一位物流、運輸兼營的一般納稅人業(yè)主向本報記者表示，有些本該是一般納稅人的物流運輸企業(yè)，為了降低稅負將自己拆分為幾家小企業(yè)享受小額納稅人待遇，這并非明智，不是長久之計。
　　"‘營改增’的制度是好的，但在操作層面不斷有變化。比如財務那邊拿票有限制，一個月拿不了多少票，開小額發(fā)票就不太方便，影響了小客戶的接收。每個月前面給一些客戶開完發(fā)票，后面的客戶拿票就不太方便。于是我就只給有一定額度的客戶開發(fā)票，夠一萬才開。"上海文力物流公司黎經(jīng)理將發(fā)票數(shù)量限制帶來的不便說得更加具體。
　　財政部稅政司一位昔日官員曾對本報記者表示，"營改增"中部分企業(yè)稅負有所增加，主要是進項稅抵扣不利，原因之一是改革還沒有全部到位，影響到進項稅抵扣。再者，部分企業(yè)習慣了營業(yè)稅的發(fā)票管理和經(jīng)營方式，稅改后不適應。比如交通運輸企業(yè)，要做好抵扣，就需要規(guī)范發(fā)票管理。因此需要加強對企業(yè)的指導，使之更好地適應增值稅。"營改增"的效果具有延后性，最終的稅負增加與否不能以短期數(shù)據(jù)來輕易下結(jié)論。減稅與否需要通過整個社會或行業(yè)總體的情況來判斷。